頭燕鷗之所以稱為鳳頭燕鷗，就是牠的頭頂有個像鳳梨頭的黑色冠羽，相當醒目好看。另外，鳳頭燕鷗的別稱為大鳳頭燕鷗，也是因為牠的體型很大，是澎湖夏候鳥各種燕鷗中，體型最大的，屬於大型燕鷗。

鳳頭燕鷗雌雄鳥外形相同，繁殖季和非繁殖季時的羽色略為不同。